Sistem penjaminan mutu belum dikatakan berjalan dengan baik jika belum melakukan audit. SPMI UB melakukan audit sistem dan audit kepatuhan. Pada tahun 2007 sampai tahun 2009 sistem audit di UB disebut Audit Internal Mutu Akademik (AIMA). Tahun 2010 sampai dengan sekarang disebut Audit Internal Mutu (AIM). Audit yang dilakukan berdasarkan Manual Prosedur Audit Internal Mutu yang dibuat oleh PJM UB.
Penjelasan di atas memberikan gambaran, bahwa pelaksanaan penjaminan mutu program studi di UB merupakan satu kesatuan dengan implementasi di seluruh UB. Implementasi penjaminan mutu di PS ditunjukkan dengan telah dilakukannya AIMA Batch 1 dan 2 dari tahun 2007 sampai dengan tahun 2009, dan AIM Batch 1 dan 2 pada tahun 2010. Dengan demikian UB telah melakukan audit sebanyak 7 siklus penjaminan mutu internal terhadap Fakultas dan Jurusan atau Program Studi. Lingkup audit disesuaikan dengan kelemahan umum yang ada di fakultas maupun Jurusan/Program Studi. Misalnya, pada AIM Batch 2 dilakukan audit dengan lingkup standar 1, 2 dan 5 dari standar mutu BAN-PT. Dampak dari implementasi SPMI adalah diperolehnya sertifikasi ISO 9001:2008 di unit PJM, Perpustakaan, Hubungan Masyarakat dan Biro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan pada tahun 2010. Direncanakan pada tahun 2011 sertifikasi ISO 9001:2008 dilakukan di Universitas (melingkupi seluruh unit kerja di UB) dan percepatan akreditasi PS
